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Situación: cuando una variable de sesión es llamada en Joomla desde un script externo, esta parece estar vacía.

Solución: Reemplazar session_start(); en el script externo con

define( '_JEXEC', 1 );
define( 'JPATH_BASE', realpath(dirname(__FILE__).'/../..' ));

require_once ( JPATH_BASE. '/includes/defines.php' );
require_once ( JPATH_BASE. '/includes/framework.php' );
$mainframe = JFactory::getApplication('site');
$mainframe->initialise();

Asegúrate de cambiar JPATH_BASE según tu estructura de directorios.

Reemplaza $_SESSION[ 'nombre' ] = "valor"; en tu script externo con

$session = JFactory::getSession();
$session->set('name', "value");

Ahora puedes obtener esta variable de sesión usando:

$session = JFactory::getSession();
echo $session->get('name');