No es posible iniciar sesión si la autenticación de doble factor está activa en 3.6.3
From Joomla! Documentation
Hay algunos problemas si tienes un sitio web Joomla! con la autenticación de doble factor activada.
Errores reportados
Después de actualizar a Joomla! 3.6.3 e intentar iniciar sesión de nuevo en un sitio con autenticación de doble factor, puedes recibir un mensaje de error: Debe coincidir el set de caracteres y no puedes conectarte. (ver: https://github.com/joomla/joomla-cms/issues/12458)
Versiones afectadas
Esto se refiere solo a las siguientes versiones de Joomla!: 3.6.3
¿Cuál es la causa?
Al parecer hay un problema con un software de un tercero (FOF) que viene incluido en Joomla!.
Cómo solucionarlo
Puedes iniciar sesión con cualquier usuario sin llenar el campo de autenticación de doble factor también con una cuenta que tenga autenticación de doble factor activada. Los otros pasos ya no son necesarios.
Inicia sesión con una cuenta de usuario que no tenga autenticación de doble factor activado y desactiva los plugins correspondientes para dicha autenticación.
O
Ingresa via FTP al sitio web y cambia el nombre de la carpeta JROOT/plugins/twofactorauth